In een wereld vol gevaren en uitdagingen leven vier schildpadden verborgen onder de grond, getraind door Meester Splinter, een wijze muis-monnik.
Getransformeerd door het Ooze-middel, werd Leonardo de stoere leider, Michelangelo werd grappig en speels, Donatello een technisch genie, terwijl Raphael een moedige krijger werd.
Ensgezind werken ze samen om de stad te beschermen tegen de bedreigingen van de criminele Shredder en zijn Foot Clan-leger.
Na vele beproevingen leren ze de waarde van eenheid en moed, waardoor ze niet alleen uitstekende ninja's zijn